A MÉTA program előkészítése és szakmai programjának kidolgozása szemléletbeli áttöréseken keresztül vezetett: a növényzet aktuális állományainak élőhelyekként való értelmezésével; a dinamikus, történeti és a tájökológiai szemlélet előtérbe helyezésével; az országos térképezés léptékéhez rendelt hatszög-raszteres világkép kialakításával; a felmérési módszer egymásba ágyazott táji és lokális léptékeinek alkalmazásával; az élőhely-állományok többszempontú jellemzésével, dokumentálásával. Mindezzel párhuzamosan a program indításakor többféle módszertani fejlesztést kellett elvégeznünk.
Élőhely-osztályozásunk az 1997-ben kifejlesztett ún. Általános Nemzeti Élőhely-osztályozási Rendszer (Á-NÉR, FEKETE és mtsai 1997) továbbfejlesztett változata. Külön élőhelyek például a puhafás ligeterdők (Á-NÉR kódja: J4), a keményfás ligeterdők (J6), a mocsárrétek (D34) és a franciaperjés kaszálórétek (E1). Az élőhelyek egyértelmű dokumentálását, azonosíthatóságát és egységes felismerését a program számára kidolgozott Élőhely-ismereti útmutatóval (ÉIÚ) és a MÉTA Fotótárral segítjük (BÖLÖNI és mtsai 2003, BÖLÖNI et al. 2007).
Az ország teljes területének felméréséhez egy teljesen új, tájökológiai szemléletű raszteres térképezési módszertant dolgoztunk ki. Ennek lényege, hogy a táj 35 hektáros hatszög-egységeiben, az ott előforduló minden természetesebb élőhely-típusra felmértük, ill. becsültük az összesen 17-féle vegetációs-élőhelyi, tájökológiai tulajdonságot (MOLNÁR és mtsai 2003, MOLNÁR et al. 2007). Csak a természetesebb élőhelyeket térképeztük, hiszen ezek alkotják a természetes növényzeti örökséget. A vegetáció sokféleségét 86 kategóriával írtuk le, ezek az ún. "Á-NÉR 2003" élőhelyek. A terepmunkát aktuális űrfotótérképpel segítettük, az adatokat előrenyomtatott adatlapokon gyűjtöttük. Részletes módszertani útmutatót készítettünk (AL-KÚ), terepgyakorlatokat szerveztünk és az ún. MÉTA-túrákon fejlesztettük tovább tudásunkat, majd elkészítettük az ország első vegetáció-szempontú tájbeosztását (MOLNÁR, Cs. et al 2008).